这一作的宝可梦御三家选择与之前不同，都是有一定原因才会选入的，其中火球鼠的最终进化火暴兽的日文名和幕府的日文读音读音相似。
这次的故事则是发生在很久以前的神奥地区，并且当时还没有宝可梦训练家和宝可梦联盟的概念。
玩家可以从“木木枭”、“火球鼠”、“水水獭”中选出一只，和它一起开始冒险。据说这3只宝可梦是某位博士在各地的研究过程中遇到的，并一起来到了这个地区。
而由于这次的故事背景来源是日本曾经幕府时代，所以这次入选的御三家也就与幕府时代有一定关联。
比如火球鼠虽然没有能和幕府产生直接联系，但是其最终进化的火暴兽的日文名バクフーン(Bakufoon)和幕府的日文读音(Bakufu)读音相近。
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