《塞尔达传说：时之笛》重制版加入了手动跳跃键，这个看似不大的改动，背后其实需要大量工作。在任天堂最新一期“开发者访谈”中，重制版团队详细聊了加入跳跃键的经过：起初他们并不确定该不该这么做，但现代《塞尔达传说》玩家已经习惯了有跳跃键，最终还是决定让本作跟上这一操作习惯。

开发者Ng表示，取消自动跳跃也是出于类似考虑。原版没有为跳跃分配按键，而是设计成林克在特定位置向前推摇杆时自动跳跃，哪里能跳、哪里不能跳界限分明。可习惯新作的玩家会疑惑：“为什么林克那边能跳、这边不能跳？”于是团队沿用了系列较新作品的操作，让玩家按一个键就能在任何地方跳跃。

青沼英二补充说，这让探索更有趣，但有些地方开发组并不希望玩家跳过去，自动跳跃系统从开发角度看其实很方便。一旦取消限制、允许随处跳跃，就必须预判玩家的各种行为，并对环境做出相应调整，所以团队起初也犹豫“真的要这么做吗”。他笑称，仅仅一个改动，需要重新检查的内容就会瞬间增多。

Shida还提到，《塞尔达传说：时之笛》同时有成年林克和少年林克，两人的跳跃距离略有差异，即便设计同一块地形，要让间隙距离刚好适合跳跃也十分困难。

原版玩家熟悉的跳跃攻击在重制版中回归，但由于加入手动跳跃，这一动作也必须调整，团队最终采用了两套方案，原因是开发成员实在无法就哪种更好达成一致。

Taguchi介绍，与原版一键发动不同，本作采用了《塞尔达传说：旷野之息》的两步操作：先按跳跃键，再在空中按攻击键。青沼英二则表示自己太习惯原版操作，怎么都适应不了，向团队反馈“这不如原版跳跃攻击来得爽快”后，团队加入了一键发动的方式。藤林秀麿则更习惯先跳后攻。最终两种操作方案都被保留，让原版粉丝和只玩过《塞尔达传说：旷野之息》的玩家都能舒适上手，而且两套方案互不干扰。