《樱花大战2》的故事从太正十四年春、大神从南美归来重任花组队长开始。在他们面前是新的敌人——以陆军大臣、古代阴阳师后人京极庆吾、鬼王为首的“黑鬼会”，手下是由金刚、木食、水狐、火车、土蜘蛛组成的“五行众”。而花组方面也补充了两名新队员，来自欧洲“星组”的意大利红色贵族少女织姬和沉默的德国少女雷尼，而菖蒲的妹妹——藤枝枫则代替了死去的姐姐成为帝击的副司令。在与黑鬼会的战斗中，魔神器再次成为双方争夺的对象，为了不让樱重蹈父亲一马的悲剧，大神毅然毁坏了魔神器，决心以花组自身的力量来守护和平。此时的京极利用发动叛乱来转移人们视线，令降魔复活，并召唤出了以帝都的怨念为能源的究极兵器 ——武藏，帝都再次面临危机。初逢、相知、信任、别离……新花组再次出击！《樱花大战2》的故事紧接一代，沉浸在一片和平之中的帝都，被新的不祥阴影所笼罩。从南美参加演习归来的主人公大神一郎，再度受命担任帝国华击团，花组队长。这次补充了两名新队员的花组所要面对的敌人是以鬼王为首的“黑鬼会”。而在与黑鬼会的频繁战斗中，一个事关帝都安危的大阴谋渐露端倪…… 樱花大战原班人马再度集结缔造游戏史上永恒经典！乘坐新·空中战舰三笠的花组突入武藏内部，以二刀二剑仪式封印了降魔，鬼王（复活的真宫寺一马）也摆脱了京极的控制，用自己的身体保护了女儿。最终，魔操机兵·新皇和京极被消灭，帝都又恢复了和平。而大神则再次离开花组，以海军留学生身份远赴巴黎留学（实际上是去上任巴黎花组队长）。