《三国志孔明传》的主要改变就是将主角换成了孔明。因此游戏的第一章便是从三顾茅庐开始，总共有15幕包括大小战役47个。游戏在前作基础上有新增了大量宝物，并且提供了道具和兵器的收藏功能。游戏在剧情上的大体流程基本上采用《三国演义》为蓝本，不过基于游戏的完成性必要在五丈原战役之后就采用了假想剧情，在这场战役中玩家可以让孔明诈死以此躲过一劫，最终完成复兴汉室的大业。为了尽可能贴近史诗，光荣还在游戏设定上做了一些手脚，如果玩家在游戏中按照史实制定作战策略便可以事半功倍。游戏中还设置了多结局的剧情，不同的玩法有着不同的结局，也就是说，诸葛亮的最后结局是怎么样的，全都依靠玩家的玩法。