《武装原型：最后的守护者》平行空间C.E.71年，邪恶势力向M星球爆发全面战争，M星球沦陷;联邦起义军三大组织希望之光、和平之翼、钢铁之心带领人类逐步收复了被邪恶势力所控制的大部分失地。随着M星球的形势渐好，三大组织领导者的野心也愈发扩大，他们以组织名称命名分别成立了三个国家，内战序幕由此展开!