重制版新增指挥官副官体系，共5名指挥官可供招募。每名副官配套独立开放世界任务链，包含远洋海战、岛屿潜行、村落保卫、登船突袭等多种交互环节，并提供特定海战增益。

阿德瓦莱：效果无，主线“序列03-任务01：这个菜鸟船长”中自动招募，序列12被安妮·邦尼取代。

露西·鲍德温：完成“老海湾”后，到哈瓦那东面盐键滩潜入囚犯船救出露西。与英国舰队作战时注意水雷，用回旋炮提前射爆。之后在大伊纳瓜酒馆找露西，带她参观村庄，前往黑岛潜入她家庄园，找到伪造遗嘱和律师来信。返回酒馆后露西会给黄金手枪，最后到哈瓦那海滩解决她的仇人，在旁边草丛旁拿铲子挖宝藏。效果：敌方攻击命中前防御，大幅减少寒鸦号伤害。

神父：栖身于海螺角，服务于一座小村庄，爱德华需出手相助并说服他回归海盗生涯。效果：登船战或堡垒战中成为强大战士，寒鸦号解锁“冲撞猛击”。

安妮·邦尼：效果无，主线“序列12-任务01：不再是总督”开始时自动招募。

托拜厄斯·“死人”·史密斯：主线“序列11-任务03：万物皆虚”后，完成“一个没有黄金的世界”任务线前4个任务方可招募。效果：使用舷侧炮时额外发射一轮炮弹，大幅提升火力。