宝可梦朱紫四凶兽捕捉需要，学校大厅有课程选项，随着主线进度解锁课程的进度。每种课程大致有八次课程，其中两次分别为期末考试与期中考试。历史课程期中考试后会获得关于二级神的神话的信息，信息表明四只神兽嫄产地非帕蒂亚，而是被远东的商人带来。期末考试后会获得四只二级神被封印地点的大地图标注，正式触发任务，每个神兽的祠堂附近有八根封印之柱，全部毁灭后可进入祠堂。

剧情表示古老王国的国王接见了远东航行而来的商人并从他那里获取了简，玉，鼎，剑四种宝物,这四种宝物在世间的岁月里沾染了灾厄与怨气，最终在国王这里迎来了爆发并毁灭了国王的城堡。

后来国王请人将其封印在帕蒂亚的四周，只有与宝可梦有着深厚羁绊的人才能松开禁制并进入祠堂。